====== AMBER ======

[[https://ambermd.org/|Amber]] es una suite de programas de simulación biomolecular. 

El término "Amber" se refiere a dos conceptos. En primer lugar, se trata de un conjunto de campos de fuerzas mecánico-moleculares para la simulación de biomoléculas. Estos campos de fuerza son de dominio público y se utilizan en una variedad de programas de simulación. En segundo lugar, es un paquete de programas para la simulación biomolecular que incluye código fuente y demostraciones.

El HPC UO tiene instalado Amber 22, con el cual se pueden hacer simulaciones en serie y paralelo. Los programas de Amber para cálculos en paralelo usando memoria compartida o memora distribuida son:

  * cpptraj.MPI
  * gem.pmemd.MPI
  * mdgx.MPI
  * MMPBSA.py.MPI
  * pmemd.MPI
  * quick.MPI
  * rism3d.snglpnt.MPI
  * sander.LES.MPI
  * sander.MPI
  * simplepbsa.MPI
  * sqm.MPI
  * test-api.MPI

  * cpptraj.OMP
  * edgembar.OMP
  * mdgx.OMP
  * ndfes.OMP
  * paramfit.OMP
  * sander.OMP
  * saxs_md.OMP
  * saxs_rism.OMP

**1. Cálculos en serie**

Para cálculos en serie (por ejemplo con //sander//) hay que especificar: 

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
...
module purge
module use /opt/apps/easybuild/modules/all
module load Amber/22
...
sander -O ...
</code>

**2. Cálculos en paralelo (Memoria distribuida)**

Para cálculos en paralelo usando memoria distribuida (por ejemplo con //sander//) hay que especificar: 

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=2              # Número de nodos: 2, 3, ... 
#SBATCH --ntasks-per-node=16   # Número de procesos: 2, 3, ...30
...
module purge
module use /opt/apps/easybuild/modules/all
module load Amber/22
...
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="qib0:1"
...
mpirun -n $SLURM_NTASKS sander.MPI -O ...
</code>

**3. Cálculos en paralelo (Memoria compartida)**

Para cálculos en paralelo usando memoria compartida (por ejemplo con //sander//) hay que especificar:

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=16   # Número de procesos: 2, 3, ...30  
...
module purge
module use /opt/apps/easybuild/modules/all
module load Amber/22
...
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="qib0:1"
...
mpirun -n $SLURM_NTASKS sander.OMP -O ...
</code>

{{ :wiki:amberscripts.tar.gz |Descargar ejemplos}}.