====== AUTODOCK VINA ======

AutoDock Vina es otro software de código abierto para hacer acoplamiento molecular de la suite de Autodock. Originalmente fue diseñado e implementado por el Dr. Oleg Trott.

AutoDock Vina mejora significativamente la precisión promedio de las predicciones del //binding mode// en comparación con AutoDock 4.

Para la entrada y salida, Vina usa el mismo formato del archivo de estructura molecular PDBQT que usa AutoDock. Los archivos PDBQT se pueden generar (interactivamente o en modo por lotes) y visualizarse mediante la herramienta MGLTools. No se necesitan otros archivos, como los archivos de parámetros de AutoDock y AutoGrid (GPF, DPF) y los archivos de mapa de cuadrícula (//grid map//).

Para trabajar con Autodock Vina solo se requiere conocer las estructuras de las moléculas que se acoplan y la especificación del espacio de búsqueda, incluido el sitio de unión. No es necesario calcular mapas de cuadrícula y asignar cargas atómicas. En el HPC UO se recomienda utilizar el fichero conf.txt con los datos fundamentales.

**Envío**

Para enviar un cálculo de Autodock Vina con 16 núcleos de CPU, en el script de Slurm hay que especificar:

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasksper-node=16
...
module load AutodockVina

# cd to the directory where the job was submitted
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

# Run autodock vina
vina --config conf.txt
</code>

**Contenido del fichero //conf.txt//**

<code>
receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

out = all.pdbqt

center_x = 11
center_y = 90.5
center_z = 57.5

size_x = 22
size_y = 24
size_z = 28

cpu = 16
</code>

Descargar {{ :wiki:autodockvina.tar.gz |ejemplo}}.