AutoDock-GPU fue desarrollado por Forli lab. La versión de CUDA fue desarrollada en colaboración con Nvidia para ejecutar AutoDock-GPU en el Oak Ridge National Laboratory's (ORNL) Summit.

Autodock-GPU usa los mismos ficheros de entrada que AutoDock para CPU, es decir, .maps.fld y .pdbqt.

Para ejecutar Autodock-GPU en el HPC UO, se debe incluir en el script de Slurm lo siguiente:

#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:m10:1

# Carga los módulos
module load CUDA/10.2
module load AutoDockGPU

# Ejecuta AutoDockGPU
autodock_gpu_128wi-ffile <protein_name>.maps.fld -lfile target.pdbqt