AutoDock Vina es otro software de código abierto para hacer acoplamiento molecular de la suite de Autodock. Originalmente fue diseñado e implementado por el Dr. Oleg Trott.

AutoDock Vina mejora significativamente la precisión promedio de las predicciones del binding mode en comparación con AutoDock 4.

Para la entrada y salida, Vina usa el mismo formato del archivo de estructura molecular PDBQT que usa AutoDock. Los archivos PDBQT se pueden generar (interactivamente o en modo por lotes) y visualizarse mediante la herramienta MGLTools. No se necesitan otros archivos, como los archivos de parámetros de AutoDock y AutoGrid (GPF, DPF) y los archivos de mapa de cuadrícula (grid map).

Para trabajar con Autodock Vina solo se requiere conocer las estructuras de las moléculas que se acoplan y la especificación del espacio de búsqueda, incluido el sitio de unión. No es necesario calcular mapas de cuadrícula y asignar cargas atómicas. En el HPC UO se recomienda utilizar el fichero conf.txt con los datos fundamentales.

Envío

Para enviar un cálculo de Autodock Vina con 16 núcleos de CPU, en el script de Slurm hay que especificar:

#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasksper-node=16
...
module load AutodockVina

# cd to the directory where the job was submitted
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

# Run autodock vina
vina --config conf.txt

Contenido del fichero conf.txt

receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

out = all.pdbqt

center_x = 11
center_y = 90.5
center_z = 57.5

size_x = 22
size_y = 24
size_z = 28

cpu = 16

Descargar ejemplo.