LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) es un código para el modelado de materiales usando dinámica molecular. LAMMPS puede simular materiales en estado sólido (metales, semiconductores) y materia blanda (biomoléculas, polímeros) y sistemas mesoscópicos o de grano grueso. Puede usarse como un simulador de partículas paralelas a escala atómica, meso o continua.

La versión instalada en el HPC UO se ejecuta con OMP (Memoria Compartida) o MPI (Memoria Distribuida).

Los paquetes disponibles son los siguientes:

AMOEBA ASPHERE BOCS BODY BPM BROWNIAN CG-DNA CG-SPICA CLASS2 COLLOID COLVARS CORESHELL DIELECTRIC DIFFRACTION DIPOLE DPD-BASIC DPD-MESO DPD-REACT DPD-SMOOTH DRUDE EFF EXTRA-COMPUTE EXTRA-DUMP EXTRA-FIX EXTRA-MOLECULE EXTRA-PAIR FEP GRANULAR INTEL INTERLAYER KSPACE MANIFOLD MANYBODY MC MEAM MESONT MGPT MISC ML-IAP ML-POD ML-RANN ML-SNAP MOFFF MOLECULE OPENMP OPT ORIENT PERI PHONON PLUGIN POEMS PTM QEQ QTB REACTION REAXFF REPLICA RIGID SHOCK SMTBQ SPH SPIN SRD TALLY UEF YAFF.

Para trabajar con LAMMPS en memoria compartida, se puede usar el siguiente script de Slurm:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=public
#SBATCH --job-name=LAMMPSmemComp
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=30
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err

#Cargar módulo
module purge
module use /opt/apps/easybuild/modules/all
module load LAMMPS/20230802

#Cambiar al directorio de envio
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

# Ejecutar LAMMPS
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS_PER_NODE
mpirun -np $SLURM_NTASKS_PER_NODE lmp_mpiomp -in in.<nombre_fichero_in> > Results.txt