AMBER
Amber es una suite de programas de simulación biomolecular.
El término “Amber” se refiere a dos conceptos. En primer lugar, se trata de un conjunto de campos de fuerzas mecánico-moleculares para la simulación de biomoléculas. Estos campos de fuerza son de dominio público y se utilizan en una variedad de programas de simulación. En segundo lugar, es un paquete de programas para la simulación biomolecular que incluye código fuente y demostraciones.
El HPC UO tiene instalado Amber 22, con el cual se pueden hacer simulaciones en serie y paralelo. Los programas de Amber para cálculos en paralelo usando memoria compartida o memora distribuida son:
- cpptraj.MPI
- gem.pmemd.MPI
- mdgx.MPI
- MMPBSA.py.MPI
- pmemd.MPI
- quick.MPI
- rism3d.snglpnt.MPI
- sander.LES.MPI
- sander.MPI
- simplepbsa.MPI
- sqm.MPI
- test-api.MPI
- cpptraj.OMP
- edgembar.OMP
- mdgx.OMP
- ndfes.OMP
- paramfit.OMP
- sander.OMP
- saxs_md.OMP
- saxs_rism.OMP
1. Cálculos en serie
Para cálculos en serie (por ejemplo con sander) hay que especificar:
#!/bin/bash ... #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 ... module purge module use /opt/apps/easybuild/modules/all module load Amber/22 ... sander -O ...
2. Cálculos en paralelo (Memoria distribuida)
Para cálculos en paralelo usando memoria distribuida (por ejemplo con sander) hay que especificar:
#!/bin/bash ... #SBATCH --nodes=2 # Número de nodos: 2, 3, ... #SBATCH --ntasks-per-node=16 # Número de procesos: 2, 3, ...30 ... module purge module use /opt/apps/easybuild/modules/all module load Amber/22 ... export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1 export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="qib0:1" ... mpirun -n $SLURM_NTASKS sander.MPI -O ...
3. Cálculos en paralelo (Memoria compartida)
Para cálculos en paralelo usando memoria compartida (por ejemplo con sander) hay que especificar:
#!/bin/bash ... #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=16 # Número de procesos: 2, 3, ...30 ... module purge module use /opt/apps/easybuild/modules/all module load Amber/22 ... export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1 export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="qib0:1" ... mpirun -n $SLURM_NTASKS sander.OMP -O ...