Autodock es una suite de herramientas para docking automatizado. Está designado para predecir cómo pequeñas moléculas se enlazan en las cavidades de receptores de estructura 3D conocida.

La distribución de Autodock consiste en dos generaciones de software, Autodock4 y Autodock Vina. Más recientemente, se ha desarrollado AutoDock-GPU, una versión acelerada de AutoDock4 que es cientos de veces más rápida que el código de acoplamiento original de una sola CPU.

Vea los detalles para trabajar con Autodock Vina y AutoDock-GPU en el HPC UO.

Para la ejecución en serie se utiliza Autodock4. Para la ejecución en paralelo se utiliza mpAD4.

Envío

Para enviar un cálculo de Autodock4 a partir del fichero de parámetro parameterfile, en el script de Slurm hay que especificar:

#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
...
module load AutoDock
...
# Ejecutar el trabajo
autodock4 -p parameterfile -l logfile