GAUSSIAN
Gaussian es un programa ab initio de química cuántica muy usado en el campo de la química computacional.
Gaussian se puede ejecutar en serie y en paralelo, dependiendo de la complejidad del cálculo. Para moléculas sencillas de relativamente pocos átomos basta el cálculo en serie. Para moléculas con un gran número de átomos hay que usar el cálculo en paralelo con una consecuente disminución del tiempo de cálculo.
Gaussian se ejecuta con el comando g09 y tiene como entrada de datos un fichero con terminación .com.
1. Cálculo en serie
Para el cálculo en serie, no se deben incluir las directivas %nproc= y %LindaWorkers= en el fichero de entrada (.com).
Para ejecutar g09 con el fichero gaussian_serie.com, se especifica lo siguiente en el script de Slurm:
#!/bin/bash ... #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 ... module load gaussian . $g09root/g09/bsd/g09.profile $g09root/g09/bsd/clearipc ... g09 gaussian_serie.com
2. Cálculo en memoria compartida
Gaussian puede hacer cálculos en memoria compartida usando la biblioteca Linda.
Para un cálculo de este tipo, tienen que incluirse las directivas %nproc=[procesadores_necesarios] y %LindaWorkers=[nombre_del_nodo_solicitado] en el fichero de entrada (.com).
... %nproc=8 %LindaWorkers=nodo13 ...
Se debe seleccionar un nodo en estado libre (idle), consultando para ello el comando sinfo.
Para ejecutar en el nodo nodo013 el comando g09 con los datos del fichero gaussian_mcompartida.com, se especifica en el script de Slurm:
#!/bin/bash ... #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=8 # 8 procesos o hilos #SBATCH --nodelist=c14 ... module load gaussian . $g09root/g09/bsd/g09.profile $g09root/g09/bsd/clearipc ... g09 gaussian_mcompartida.com
En el script anterior se ha especificado que se quiere usar 1 nodo (nodo013) y 8 procesos (hilos).